Eker Süt Ürünleri 1977 yılında kuruldu. Otomotiv firmalarında çalışanların süt ürünleri tüketmeleri yönetmelikle şart koşulmuştu. Altan Eker bu fabrikalarda çalışanlara ayran tedarik ederek işe başladı. 1981'de Orhaneli yolu üzerindeki Eker Çiftliği'nde fabrika kuruldu. Şirket 1983'te İzmir'de, 1987'de İstanbul'da bölge müdürlükleri açtı. Altan Eker'in 1996 yılında vefat etmesinden sonra çocukları Ahmet Eker ve Nevra Eker ikinci kuşak olarak Eker'in yönetimine geçti. 1997 yılında Ankara'da, sonraki yıllarda ise Eskişehir, Adana, Antalya ve Gebze'de Bölge müdürlükleri açıldı, dağıtım alanı genişledi.

   Eker, 2006 yılında, Fransız Andros firmasıyla ortaklık kurdu. Böylece üretim kapasitesini ve ürün zenginliğini arttırdı. Andros'la iş birliğinden alınan know-how ile 2007'de Türkiye'de ilk defa supangle, sütlaç, kazandibi, keşkül gibi geleneksel sütlü tatlıları bir süt fabrikasında üreterek yeni bir pazar yaratmayı başardı.

Eker, 35. yılını kutladığı 2012 yılında yeni fabrikasına taşındı. Mustafakemalpaşa'da 105 dönüm üzerindeki 23,000m² kapalı alanda, dünya standartlarındaki yeni üretim tesisinde Eker'in günlük süt işleme kapasitesi 600 tona çıktı. Bu rakam 2018'de 250.000 tona ulaştı.